上文我们解释了有氧生物为什么离不开氧气，那就可以理解厌氧生物如何能够在没有氧气的情况下生活。

　　没有氧气，就缺少了这种良好的末端电子受体，这时生物有两种选择：一是它们可以利用糖酵解和发酵将葡萄糖发酵成还原性的有机化合物，例如乙醇或乳酸。这会产生一点ATP，可能可以存活。 二是许多微生物能够使用除氧以外的分子作为末端电子受体，这样也可以通过呼吸链产生ATP。

　　但为什么氧气对于专性厌氧生物有毒呢？那是因为氧是一种氧化性很强的分子，喜欢被还原，即氧化其他物质。 氧气对厌氧生物有毒有两个原因：

　　一个普遍的原因是氧气很容易被部分还原（只得到1个、2个或3个电子）为高反应性的物质即活性氧（reactive oxygen species，ROS）自由基，例如过氧化氢或超氧自由基。ROS可以导致DNA损伤，并与蛋白质和细胞膜脂质反应而杀死细胞。有氧生物有去除ROS酶，例如过氧化氢酶、过氧化物酶和超氧化物歧化酶，但专性厌氧生物通常不存在或者浓度低。

　　另一个原因是它们体内有许多酶对氧气敏锐。对于构成它们体内替代的呼吸链上的金属酶而言也是如此。这些蛋白质在活性部位通常具有诸如铁、钼或钨的金属，这些金属对氧具有反应性，并且如果存在氧，会使蛋白质不稳定而失活。还有一些酶需要铁硫蛋白作为辅助因子，其中对硫也可能被氧化。